國家高新技術企業認定后每年必須按要求進行各種系統填報，否則直接影響高新技術企業的相關稅收等優惠政策，現在根據往年的填報將有關注意事項如下：
一、每個月15日前在深圳市科技業務管理系統(https://apply.szsti.gov.cn/)填寫上個月財務月報數據;
二、根據研發部提供的研發項目，單獨設立研發費用明細賬，在年底核定統計全年研發費用支出占比是否符合國家高新要求;
三、領取國家高新技術企業認定證書后，于5月31日前帶證書等材料到稅局進行備案，方可享受企業所得稅減按15%征收的優惠政策;
四、每年3月底前在火炬統計調查信息系統(https://tyrz.chinatorch.gov.cn/hjismp/a/login#tj)完成火炬統計年報填寫;
五、規模以上企業(工業企業上年度銷售收入2000萬以上)需在統計聯網直報平臺(http://ytb.stats-sh.gov.cn/)完成企業統計年報的填寫;
六、每年5月31日前需在高新技術企業認定管理工作網(https://tyrz.chinatorch.gov.cn/hjismp/a/login#gq)報送上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表，在同一高新技術企業資格有效期內，企業累計兩年未按規定時限報送年度發展情況報表的，由認定機構取消其高新技術企業資格，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告。
七、按照國家稅務總局《關于企業研究開發費用稅前加計扣除政策有關問題的公告》(國家稅務總局公告2015年第97號)要求對研發費用進行歸集并設置輔助賬，并于每年5月前在稅務部門辦理加計扣除;
8、當年的銷售收入首次達到2000萬以上的工業企業需在10月份到區統計局備案，獲取統計聯網直報平臺系統賬號;
9、知識產權作為高新技術企業認定的重要考核指標，建議企業每年規劃申請最少3項以上產品核心知識產權。
國家高新技術企業稅收優惠政策：
(一)所得稅率優惠。高新企業享受15%的優惠所得稅率，相當于在原來25%的基礎上降低了40%。
(二)“兩免三減半”(取消)。原深圳特區以內，2008年1月1日以后成立的企業自取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第二年免征企業所得稅，第三年至第五年按照25%的法定稅率減半征收企業所得稅。
(三)人才安居購房補貼。高新技術企業可以推薦一位本公司的深圳高層次人才申請獎勵補貼，補貼標準為：龍華新區320W(100%配套)，寶安區320W(100%配套)，光明區280萬(120萬)，福田區170萬(10萬)，其他區域均160W。
(四)高新技術企業符合條件的技術轉讓所得免征、減征企業所得稅。一個納稅年度內，居民企業技術轉讓所得不超過500萬元的部分，免征企業所得稅;超過500萬元的部分，減半征收企業所得稅。
(五)高新技術企業固定資產加速折舊。允許加速折舊的固定資產包括：1、由于技術進步，產品更新換代較快的固定資產;2、常年處于強震動、高腐蝕狀態的固定資產。采取縮短折舊年限方法的，最低折舊年限不得低于本條例第六十條規定折舊年限的60%;采取加速折舊方法的，可以采取雙倍余額遞減法或者年數總和法。
(六)研發費用加計扣除。企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照企業研究開發費用的50%加計扣除;形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。
(七)取得國家高新技術企業證書后可享受各區相應認定補貼，如：深圳市直接獎勵5萬元，重新認定3萬元，龍崗區(高新復審10萬)30萬，南山區10萬(復審10萬),福田區20萬(高新復審5萬),龍華新區(高新復審20萬)、寶安(復審10萬)、光明新區、羅湖、坪山、鹽田等都是30萬，大鵬區20萬。
(八)進入高新區股份代辦系統進行股份報價轉讓的高新技術企業，予以最高180萬元資助。
(九)高新企業認定是新三板上市的必備條件，優先批準符合上市條件的股份制高新技術企業股票上市。
(十)高新企業認定是申請各級相關政府資金的必備條件之一。
(十一)高新企業可優先獲得辦公及工業用地的獲批。
(十二)深圳市每年從債券發行總額中撥出20%的額度給符合發行條件的高新技術企業。
(十三)在2008-2023年，深圳將建成500萬-600萬平方米創新型產業用房，支持高新技術產業發展。
(十四)高新技術企業認定將有效地提高企業的科技研發管理水平，重視科技研發，提高企業核心競爭力，能為企業在市場競爭中提供有力的資質，極大地提升企業品牌形象，無論是廣告宣傳還是產品招投標工程，都將有非常大的幫助。
(十五)高新技術企業對于任何企業都是一個難得的國家級的資質認證，對依靠科技立身的企業更是不可或缺的硬招牌，其品牌影響力僅次于中國名牌產品、中國馳名商標、國家免檢產品。
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