高新技術企業創新能力評價，是一個百分制的評分過程，也是高新企業認定工作中重要的部分。主要從知識產權、科技成果轉化能力、研究開發組織管理水平、企業成長性等四項指標進行評價。各級指標均按整數打分，滿分為100分，綜合得分達到70分以上(不含70分)為符合認定要求。
1、知識產權(≤30分)對企業申報的知識產權進行定性與定量結合的評價。
包括：技術的先進程度，對主要產品(服務)在技術上發揮核心支持作用，知識產權數量，知識產權獲得方式，企業參與編制國家標準、行業標準、檢測方法、技術規范的情況。
舊指引中“1項發明和6項以上其他知識產權”均屬于A類，但新指引中明確了兩者效用完全不一樣，1項及以上發明等I類知識產權分為8分，而5項及以上II類知識產權分只有6分。并且明確了知識產權獲得方式不同，得分也不同。即有自主研發的可得1-6分。僅有非自主研發的只能得1-3分。
知識產權增加了2分的加分項。但總分仍不能超過30分。
2、科技成果轉化能力(≤30分)根據企業科技成果轉化總體情況和近3年內科技成果轉化的年平均數進行綜合評價。
科技成果轉化能力的A類標準由原來的平均每年4項及以上變為了“5項及以上”，且同一科技成果分別在國內外轉化的，或轉化為多個產品、服務、工藝、樣品、樣機等的，只計為一項。已經不能再用一個知識產權轉換出多個成果轉化了，所以想在這項拿到滿分，3年的知識產權數量需要15項以上!
3、研究開發組織管理水平(≤20分)根據企業研究開發與技術創新組織管理的總體情況進行綜合評價。
4、企業成長性(≤20分)選取企業凈資產增長率、銷售收入增長率等指標對企業成長性進行評價。
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