第二階段審核一般安排在第一階段問題整改完成后進行，一般間隔為一個月左右。第二階段審核以判定組織的環境管理體系能否通過認證為目的，是在第一階段審核的基礎上對組織的環境管理體系進行更為深入的審核，審核側重于環境管理體系的運行和績效。
環境管理體系審核步驟：
1、首次會議；
2、現場尋找證據；
3、審核組內部會議；
4、與受審核方交換意見；
5、末次會議；
6、提交審核報告。
環境管理體系審核內容包括：
1、環境目標、指標、管理方案的實現程度；
2、各個管理文件的實施情況；
3、監測及內部程序的實施效果，以及管理評審的實施效果；
4、自我監督機制的完善性。
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