科技部、財政部、稅務總局組成全國高新技術企業認定管理工作領導小組(以下稱“領導小組”)，其主要職責為：
(一)確定全國高新技術企業認定管理工作方向，審議高新技術企業認定管理工作報告;
(二)協調、解決認定及相關政策落實中的重大問題;
(三)裁決高新技術企業認定事項中的重大爭議，監督、檢查各地區認定工作;
(四)對高新技術企業認定工作出現重大問題的地區，提出整改意見。
第七條領導小組下設辦公室。辦公室設在科技部，其主要職責為：
(一)提交高新技術企業認定管理工作報告;
(二)組織實施對高新技術企業認定管理工作的檢查;
(三)負責高新技術企業認定工作的專家資格的備案管理;
(四)建立并管理“高新技術企業認定管理工作網”;
(五)領導小組交辦的其他工作。
第八條各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門組成本地區高新技術企業認定管理機構(以下稱“認定機構”)，根據本辦法開展下列工作：
(一)負責本行政區域內的高新技術企業認定工作;
(二)接受企業提出的高新技術企業資格復審;
(三)負責對已認定企業進行監督檢查，受理、核實并處理有關舉報;
(四)選擇參與高新技術企業認定工作的專家并報領導小組辦公室備案。
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