計算機軟件兼具作品性和工具性特點：作品性指其是可被復制于某種有形載體之上的智力創作成果;工具性是指其與計算機等可讀介質合為一體后，能夠具有信息處理能力，以標志一定功能、完成一定任務或產生一定結果。因此，采用何種法律保護軟件最為合適，曾經是各國熱議的問題。縱觀各國的情況，以著作權法保護計算機軟件最為普遍，還有在特殊情況下對軟件以專利法保護和從商業秘密角度予以保護的不同路徑。我國的情況也大抵如此。但從不同角度和路徑保護計算機軟件，所依據的事實和理由不同，需要考慮的法律關系及要件事實不同，應當收集和提供的證據也不同。實踐中，某些權利人缺乏這方面的關注和研究，訴訟主張與事實理由不對應，或者與其提供的證據不對應，導致訴訟失利。因此，應當按照所主張的法律關系及相關要件事實，做好收集提供證據等訴訟準備，或者應根據已掌握的證據所能證明的要件事實，選擇不同的法律關系主張權利保護。
以著作權保護的路徑和方法
侵犯計算機軟件著作權的方式方法多種多樣，所侵犯之權利內容也不一而足。較為常見的侵權行為是未經許可復制軟件，有全部復制，也有部分復制。對于全部復制行為，關鍵是獲取侵權人持有軟件復制件的證據，比對上一般不存在難度。部分復制即抄襲，主要指對他人軟件程序做一些偽裝性的改動，或者采用被侵權軟件的實質部分與侵權人自己開發的部分進行疊加復制。對這種復制行為的直接證明是相當困難的，法院一般采用“實質性相似+接觸+排除合理解釋”的方法判斷。因此，權利人應當根據這些要件事實做收集提供證據的準備。
由于軟件作品的表達涉及源代碼、目標代碼、編寫語言等專業領域的知識，因此，對于被控侵權軟件是否與權利人軟件構成實質性相似，往往需要借助司法鑒定手段。那么獲取被控侵權軟件、證明存在接觸點就是很重要的基礎性事實。
另外，還要注意區分軟件著作權和一般著作權在保護范圍和對象上的區別。軟件運行的結果(界面)若構成作品，受一般著作權保護而不適用計算機軟件保護條例的規定予以保護。
計算機軟件的技術保護措施，比較常見的包括設置序列號、注冊用戶名等軟加密技術以及附帶加密盒、鑰匙盤等硬加密技術。由于破解行為完全由侵權人實施，權利人很難提供確鑿的證據予以證明，這時就要用到事實推定的證據規則。權利人應依照事實推定規則的相關要件事實，收集、提供必要的證據。
事實推定是指法官在法律沒有明確規定的情況下，根據邏輯規則和經驗法則，由已知的案件事實推出待證的案件事實，并且允許當事人提出反證推翻的一種訴訟證明方法。事實推定并非憑空推理，必須有確定的基礎事實。對于破壞軟件技術保護措施的推定，應當依據以下事實：一是權利人為其軟件設置了保護措施。即如果沒有權利人提供的密碼、序列號或者加密硬件，任何人無法正常安裝、使用軟件。二是由侵權人實際復制或使用了權利人的軟件。實踐中多數侵權人對侵權軟件與正版軟件的一致性不持異議，但如果侵權人否認其使用盜版軟件的話，則可能涉及侵權證據的固定以及軟件的比對鑒定。三是侵權人沒有避開軟件保護措施的合理理由，即權利人未曾向侵權人提供過相應的口令、序列號或加密硬件，侵權人也無法從其他正常渠道獲得，且不存在權利人軟件出錯的情況。只有在上述三項基礎事實都明確的情況下，才有可能得出侵權人實施了破壞軟件技術保護措施的結論。
例如，在某侵犯計算機軟件著作權糾紛案中，原告為其軟件設置了序列號作為其保護方式，在正常情況下，軟件被許可使用期限屆滿后，系統應會根據事先設置的序列號控制信息，要求用戶輸入新的序列號才能繼續使用。但被告在授權許可使用期限屆滿后，未獲得新序列號的情況下仍然繼續使用該軟件，且無法對其繼續使用行為提供合理的解釋。因使用軟件的網站由被告實際控制，法院基于事實推定原則確認被告實施了破解軟件技術保護措施的侵權行為。
以相關專利保護的路徑和方法
根據我國專利審查指南規定,計算機軟件本身不是專利的客體，但含有計算機程序的發明可以申請專利。即如果一項計算機程序與某一技術領域相關，涉及了至少一個技術問題并且還可產生某種技術效果，則含有該計算機程序的技術可以獲得專利權保護。
作為專利保護時，權利要求書記載的專利保護范圍比較明確，對軟件相關專利在侵權判定的規則上與其他發明專利或實用新型專利侵權案件的判斷規則相同。相應地，權利人應依照專利保護的法律規定及相關法律關系的要件提出訴訟主張、事實理由并依此收集提供證據。除了取得被控侵權人制造、銷售被控侵權產品等行為的事實證據外，更要進行是否落入專利保護范圍的研究分析。
以商業秘密保護的路徑和方法
著作權法只保護作品的表達而不保護作品的思想，這在計算機軟件保護條例第六條有明確規定：本條例對軟件著作權的保護不延及開發軟件所用的思想、處理過程、操作方法或者數學概念等。同樣的技術方案用軟件來實現，只要表達方式不同就不侵權。而軟件在創作過程中體現的算法模型、組織結構、處理流程等構思技巧恰是軟件中最有價值的部分。因此，運用著作權法保護計算機軟件存在明顯的缺陷，而商業秘密保護可以彌補這一不足，因為商業秘密保護的正是信息本身。
由于著作權法和商業秘密法對軟件保護的對象和重點不同，法院在審理這兩類不同訴因的案件時，有不同的審理重點和審理方法。權利人應當按照自己選擇的不同法律關系的特點做好適當的準備和應對。
對侵犯商業秘密案件的審查判斷，最為關鍵的是對侵犯商業秘密事實的證明和認定，即對某些信息是否構成商業秘密的認定和某些行為是否構成侵權的認定，而這需要根據法律規定的要件并按照正確的方法證明和認定。
首先，確定所要保護的商業秘密范圍，即秘密點。必須由權利人明確其所主張的商業秘密的內容及范圍。就計算機軟件來說，軟件程序只是商業秘密的載體，隱含在軟件程序中的總體設計思路以及總體設計涉及的信息流、數據流的劃分，大小模塊的劃分、具體軟件功能的實現及實現方式等，才可能是秘密點的范圍。其內容和范圍必須由權利人明確劃定。
其次，依照法律規定的要件判斷秘密點是否構成商業秘密。關于商業秘密構成要件，現行反不正當競爭法規定：不為公眾所知悉、具有商業價值并經權利人采取相應保密措施的技術信息和經營信息。“具有商業價值”和“采取保密措施”相對容易判斷和理解，而“不為公眾所知悉”應當具備“不為普遍知悉”(不為知悉的相對性)和“并非容易獲得”(獲得信息有一定難度)兩層含義。關于軟件中是否存在“不為公眾所知悉”的內容，一般需要借助司法鑒定來完成，鑒定的方法為：首先應當是鑒定原告主張的秘密點是否屬于“不為公眾所知悉”;其次才是比對軟件程序是否相同。若經鑒定秘密點屬于“不為公眾所知悉”的，才有進行軟件比對的必要，否則，無需比對。另外，也要注意“不為公眾所知悉”與“采取保密措施”的區別。前者是指信息本身是否達到一定的高度和難度，后者是指對信息所采取的保護、保密措施。
再次，判斷行為人的行為是否侵犯了商業秘密及侵害的程度。法律規定的侵權行為有獲取、披露、使用、許可他人使用四種行為，應對照侵權人的具體行為，確定其屬于哪一種侵權行為。實踐中，以違反保密義務披露商業秘密者和獲披露一方共同作為被告的情況比較多見。而對于獲披露一方而言，只有其存在主觀過錯時，才承擔相應的侵權責任。而獲披露一方的主觀過錯也是證明和認定的難點，權利人可以從具體行為人的身份、專業背景、與披露者的關系等方面提交相關證據供法院綜合判斷。
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