涉密甲級資質證書辦理流程主要包括以下步驟：
了解資質要求：申請單位需要詳細了解涉密甲級資質的具體要求、標準和限制條件，確保自身在法人資格、財務狀況、人員構成、保密制度等方面符合申請條件。
自我評估：對照資質要求進行自我評估，確保符合申請條件。
培訓與教育：對涉密人員進行保密教育培訓，提高保密意識和技能。
準備申請材料：根據要求準備詳細的申請材料，包括但不限于《涉密信息系統集成資質申請書》、企業營業執照或者事業單位法人證書、在登記機關備案的章程、法定代表人及主要負責人情況、資本結構和股權情況、生產經營和辦公場所產權證書或租賃合同、近三年集成業務合同清單、涉密集成業務場所和保密設施設備情況、基本管理制度和保密制度等。申請書及相關材料不得涉及國家秘密，申請單位應當對申請材料的真實性和完整性負責。
提交申請：將申請材料提交給國家保密行政管理部門。
受理申請：保密行政管理部門對申請材料進行初步審查，確認是否符合受理條件。申請材料齊全且符合法定形式的，應當受理并發出受理通知書;申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當一次告知申請單位補正材料。
書面審查：保密行政管理部門對提交的申請材料進行書面審查。
現場審查：對書面審查合格的單位，保密行政管理部門會指派工作人員和審查專家，依據涉密集成資質審查細則和評分標準，對保密制度、保密工作機構、保密監督管理、涉密人員管理、保密技術防護以及從事涉密集成業務的專業能力等情況進行現場審查。現場審查滿分為100分，達到80分(含)以上為通過。現場審查程序包括提前通知申請單位現場審查時間、聽取情況匯報、審查有關材料、與相關人員談話了解情況、組織涉密人員進行保密知識測試、對涉密場所和設備進行實地查看、匯總現場審查情況并形成報告、通報審查情況并由申請單位法定代表人或主要負責人在報告上簽字確認等。
專家評審：確有需要的，保密行政管理部門會組織專家開展評審。
審批：經過綜合審查后，保密行政管理部門會作出是否批準的決定。對于符合條件的申請單位，將批準其獲得涉密資質;對于不符合條件的申請單位，將說明理由并告知其申請未獲批準。
頒證：對于獲得批準的申請單位，保密行政管理部門將頒發涉密資質證書，并在官方網站等渠道進行公示。
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