1998年11月，WIPO出臺了《專利申請中核苷酸和氨基酸序列表的表述標(biāo)準(zhǔn)》(WIPO ST.25標(biāo)準(zhǔn))，為統(tǒng)一全球的標(biāo)準(zhǔn)并提高電子形式的驗(yàn)證匹配和提供更精確的生物序列信息，WIPO標(biāo)準(zhǔn)委員會制定了WIPO ST.26標(biāo)準(zhǔn)，并要求于2022年1月1日起，WIPO所有成員國在國際、國家或者地區(qū)層面上提交的生物序列文件，都要符合WIPO ST.26標(biāo)準(zhǔn)。與WIPO ST.26標(biāo)準(zhǔn)同步發(fā)布的，還有WIPO提供的名為“WIPO Sequence”的桌面工具，該工具的作用是編制符合WIPO ST.26標(biāo)準(zhǔn)的氨基酸和核苷酸序列表。我國國知局也宣布從2022年7月1日起，向國知局提交的國家專利申請和PCT國際申請中包含有序列表的，該序列表電子文件應(yīng)符合WIPO ST.26標(biāo)準(zhǔn)要求，也就是說WIPO Sequence已經(jīng)成為生物領(lǐng)域?qū)＠韼煴夭豢缮俚墓ぞ摺?/p>
但是WIPO Sequence面世時間較短，用戶對其功能的發(fā)掘程度較少，官方用戶手冊中的記錄也比較簡單，因此，大部分申請人只了解簡單的創(chuàng)建方法，在面對一些需要進(jìn)行批量處理的操作時不知道如何快捷處理。例如，生物醫(yī)藥專利申請中，有時需要處理上百條序列，面對密密麻麻的序列表，代理人常常痛苦不已，如果在WIPO SEQUENCE中使用常用的單獨(dú)創(chuàng)建方式，一個一個地去創(chuàng)建序列，處理上百條序列時不僅耗費(fèi)時間，還易出錯。
那么，有什么批量處理的方法可以讓我們的代理工作事半功倍呢?
筆者在查閱了官方用戶手冊(https://www.wipo.int/export/sites/www/standards/en/sequence/wipo-sequence-manual.pdf)及多次嘗試后，總結(jié)出了一個批量導(dǎo)入序列的方法。
第一步，先按照WIPO SEQUENCE官方的ST.25格式(圖1)對序列表進(jìn)行修改：
圖1(來源于用戶手冊)
上面的官方說明，簡單翻譯一下就是要按<序列名稱; 序列類型; 生物體>的順序?qū)γ總€序列進(jìn)行注釋，這里的序列名稱、序列類型、生物體參照我們單獨(dú)創(chuàng)建序列時WIPO SEQUENCE官方提供的選項(xiàng)進(jìn)行撰寫即可。例如，序列類型有DNA、RNA和AA，然后在注釋下面另起一行，輸入序列(友情提示：按照ST.26的要求，RNA里的u需要替換為t)。對所有的序列都按上述格式進(jìn)行修改后，將文本保存為txt格式就可以進(jìn)行下一步操作。按照一般軟件的讀取習(xí)慣，這里建議所有的標(biāo)點(diǎn)符號都用英文版本，分號后加上空格。筆者沒有嘗試過用中文標(biāo)點(diǎn)符號，不確定是否會影響上傳。
第二步，在WIPO SEQUENCE中創(chuàng)建項(xiàng)目，并依據(jù)個人需求進(jìn)行信息填寫，這一步相信大家都會做，網(wǎng)上也有不少教程就不在此進(jìn)行贅述。
第三步，進(jìn)入我們已經(jīng)建好的項(xiàng)目中，選擇導(dǎo)入序列后上傳文件即可。
下面簡單舉例說明：
首先，將序列表修改為如下格式后，保存為txt格式：
<001; RNA; synthetic construct>
acagtgccatgagcatga
<002; DNA; synthetic construct>
accgctggcctctgtgca
<005; AA; synthetic construct>
NAYVGFSANVRSPFEYPQYYLAECNLEGFTLGGPPPEIAVTIPMIIIFFCYGQLVFTVCKTVASTLYTTVQKSMLAAWEKVIAAFLICCWVPVYAQASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFVVTCKSIYNPVMAACV
然后，在創(chuàng)建好的項(xiàng)目中選擇導(dǎo)入序列，隨后上傳文件(圖2～3)，是否勾選“輸入待導(dǎo)入的序列”并不會影響結(jié)果，不勾選時只是不會顯示序列號等內(nèi)容(圖2～4)。導(dǎo)入序列之后，就可以按通常做法進(jìn)行編輯、打印、生成序列表等常規(guī)操作，最終生成的序列表如圖5.符合國知局要求。
圖2
圖3
圖4
圖5
經(jīng)過對如何批量處理序列表這一問題的探索，不難看出，WIPO官方提供的軟件功能較為齊全，用戶界面也簡單明了，但用戶對其發(fā)掘程度較淺，還有很多功能待開發(fā)，期待有更多后來人把官方提供的各種用戶手冊最大程度地利用起來，發(fā)掘更多的快捷操作，助力專利申請。
注：*本文作者來自于駱順耀團(tuán)隊(duì)
(原標(biāo)題：WIPO Sequence 批量導(dǎo)入序列的方法)
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