公司三體系認證辦理流程如下：
1、企業資料準備階段。本年年檢過的企業的執照、資質證書、組織機構代碼證、各種施工設備的檢驗檢測報告等是否齊備。有沒有根據企業的情況建立體系，形成受控文件并且運行改進。體系的建立可以自行完成，可以找咨詢機構協助，咨詢機構會收取相應費用，體系的文件建立一般包括三大體系的手冊，二階控制程序文件，三階各種操作指南、規定規章等，一些記錄文件等，其中環境、職業健康涉及危險源識別于很多法律法規，建議不了解還是找咨詢機構比較合適;
2、申請認證階段。當企業將所有的資料及現場都準備妥當，向認證機構提出認證申請，填寫了申請表后認證機構會根據企業實際情況擬定合同，簽訂后合同后將進行審核階段;
3、認證階段。審核機構將派遣本機構審核員對企業進行審核，一般分為兩個階段，一階段為文件審核階段，會對企業提出一些改進意見，當企業將修改意見改正完畢后，才能安排進行第二階段的現場審核，現場審核其實就是看企業是否按照自己建立的體系執行，會對不合格的地方提出改進意見;
4、不合格項改進與頒發證書。改進完成不審核員提出的不合格項目后，給審核員驗證符合后，在結清費用的情況下，認證機構將會頒發認證證書。
法律依據：《中華人民共和國認證認可條例》第十六條
國家根據經濟和社會發展的需要，推行產品、服務、管理體系認證。
第十七條
認證機構應當按照認證基本規范、認證規則從事認證活動。認證基本規范、認證規則由國務院認證認可監督管理部門制定;涉及國務院有關部門職責的，國務院認證認可監督管理部門應當會同國務院有關部門制定。
屬于認證新領域，前款規定的部門尚未制定認證規則的，認證機構可以自行制定認證規則，并報國務院認證認可監督管理部門備案。
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