公司三體系認證辦理流程如下：
1、企業(yè)資料準備階段。本年年檢過的企業(yè)的執(zhí)照、資質(zhì)證書、組織機構(gòu)代碼證、各種施工設(shè)備的檢驗檢測報告等是否齊備。有沒有根據(jù)企業(yè)的情況建立體系，形成受控文件并且運行改進。體系的建立可以自行完成，可以找咨詢機構(gòu)協(xié)助，咨詢機構(gòu)會收取相應(yīng)費用，體系的文件建立一般包括三大體系的手冊，二階控制程序文件，三階各種操作指南、規(guī)定規(guī)章等，一些記錄文件等，其中環(huán)境、職業(yè)健康涉及危險源識別于很多法律法規(guī)，建議不了解還是找咨詢機構(gòu)比較合適;
2、申請認證階段。當(dāng)企業(yè)將所有的資料及現(xiàn)場都準備妥當(dāng)，向認證機構(gòu)提出認證申請，填寫了申請表后認證機構(gòu)會根據(jù)企業(yè)實際情況擬定合同，簽訂后合同后將進行審核階段;
3、認證階段。審核機構(gòu)將派遣本機構(gòu)審核員對企業(yè)進行審核，一般分為兩個階段，一階段為文件審核階段，會對企業(yè)提出一些改進意見，當(dāng)企業(yè)將修改意見改正完畢后，才能安排進行第二階段的現(xiàn)場審核，現(xiàn)場審核其實就是看企業(yè)是否按照自己建立的體系執(zhí)行，會對不合格的地方提出改進意見;
4、不合格項改進與頒發(fā)證書。改進完成不審核員提出的不合格項目后，給審核員驗證符合后，在結(jié)清費用的情況下，認證機構(gòu)將會頒發(fā)認證證書。
法律依據(jù)：《中華人民共和國認證認可條例》第十六條
國家根據(jù)經(jīng)濟和社會發(fā)展的需要，推行產(chǎn)品、服務(wù)、管理體系認證。
第十七條
認證機構(gòu)應(yīng)當(dāng)按照認證基本規(guī)范、認證規(guī)則從事認證活動。認證基本規(guī)范、認證規(guī)則由國務(wù)院認證認可監(jiān)督管理部門制定;涉及國務(wù)院有關(guān)部門職責(zé)的，國務(wù)院認證認可監(jiān)督管理部門應(yīng)當(dāng)會同國務(wù)院有關(guān)部門制定。
屬于認證新領(lǐng)域，前款規(guī)定的部門尚未制定認證規(guī)則的，認證機構(gòu)可以自行制定認證規(guī)則，并報國務(wù)院認證認可監(jiān)督管理部門備案。
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