高新技術企業認定申請需要提供兩類審計報告：一類是認定期年度審計報告，另一類是專項審計報告——后者對于高新技術企業認定申請具有特殊用途，表明注冊會計師按照審計準則和《工作指引》規定執行高企認定專項審計業務，能夠對申報企業的研究開發費用結構明細表和高新技術產品(服務)收入明細表不存在重大錯報獲取合理保證。
當然，我們需要明白：高新技術企業內部控制宗旨和高企認定審計目的截然不同，注冊會計師是對申報企業編制的申報明細表作出評價，并非對企業所有的控制發表審計意見。
高新技術企業認定申請需要出具審計或鑒證報告的材料
企業近三個會計年度(實際年限不足三年的按實際經營年限)研究開發費用專項審計或鑒證報告,并附研究開發活動說明材料;
近一個會計年度高新技術產品(服務)收入專項審計或鑒證報告;
經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告(包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書)。
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