1. 提交專利申請
申請歐洲專利主要有直接途徑和PCT途徑兩種方式，其中直接途徑也包含了巴黎公約途徑，即在要求優先權的情況下，根據《巴黎公約》在遞交首次申請的12個月之內向歐洲專利局遞交歐洲專利申請。而PCT途徑則要求自國際申請日或最早優先權日起31個月內提出進入歐洲地區階段的申請。
以上兩種方式需要提交的資料也有所區別，具體要求如下：
• 直接申請途徑提交資料：
①申請人的名稱和地址、發明人的名稱和地址（二者不一致時需說明原因）
②申請文件：官方語言(英、德、法)任意一種，或提交任意語言并在兩個月內補交官方語言譯文
③在先申請的檢索結果（要求優先權時）
• PCT途徑提交資料：
①PCT申請的申請號、國際申請日、最早優先權日（如果有）
②申請人的名稱和地址信息（與國際階段一致則不需提交；如不一致，提供變更后的信息）
③任一種官方語言翻譯版本
④主動修改文件及其翻譯文本（如果有）
⑤在先申請的檢索結果（要求優先權時）
2. 形式審查
收到申請人遞交的專利申請后，歐專局會對申請文件進行形式審查，在形式審查中，首先審查是否提供了完整信息和文件(請求書、說明書、委托書、優先權文件(如果有))以確認申請歐洲專利的申請日，接著審查是否要求了優先權以及是否及時繳納費用等。如果上述審查合格，接著檢查申請人是否按規定遞交了申請所必需的文件，包括專利申請的表格和內容，譯文，發明人信息等。
需要注意的是，權利要求書并非獲得申請日的必要條件。如果原始遞交的申請文件中缺少權利要求書，則需要在提交日起兩個月內進行提交。
3. 檢索
通常，經過初始的形式審查后，歐專局會基于專利申請的權利要求書、參考說明書和附圖內容來進行檢索工作，并出具“擴展歐洲檢索報告”(EESR)，對可專利性作出第一次評述。該報告中包括檢索報告(PCT途徑中，為補充歐洲檢索報告)和檢索意見兩個部分。收到擴展歐洲檢索報告后，如果申請人決定繼續申請程序，則必須在檢索報告公布后6個月內繳納指定費和審查費、提起實質審查請求，并回復檢索意見(檢索意見完全正面時不需要回復)，以進入實質審查階段。
需要注意的是，如果專利申請中出現單一性的問題，申請人只能收到在權利要求中被首次提到的發明的“部分檢索報告”和可專利性臨時意見，該臨時意見只具有信息參考作用，不需要申請人答復。申請人需要在2個月內支付額外的檢索費用才能最終收到這些發明的擴展歐洲檢索報告。
4. 申請的公開
通常情況下，歐洲專利申請自申請日起18個月(如有要求優先權，則自優先權日起18個月)后將被歐洲專利局公開。如果歐洲擴展檢索報告在歐洲申請公開的技術準備完成之前已經出具，則該報告將和歐洲申請一起公開。否則，報告將另外獨自公開。
5. 實質審查
在申請人提交了歐洲擴展檢索報告的答復之后，如果還存在不能授予專利權的缺陷，則會繼續進行實質審查的程序。通常在提出實審后1-3年內會收到歐專局的審查意見，申請人需要針對審查員指出的問題進行答復并修改申請文件，同時，申請文件修改不得包含超出原始申請文件內容的主題。
答復審查意見的期限為4個月，可延期2次，每次2個月。逾期未答復則視為撤回專利申請，這時歐洲專利局會發出權利喪失的通知，2個月內可通過請求“繼續處理”來彌補，但會產生額外費用。
另外，申請人在答復歐專局檢索或審查意見時，可以請求歐專局在不同意授權的情況下給予申請人參加“口審“的機會。這樣，歐專局在準備駁回申請之前，會發出注明口審時間和地點的口審邀請函。口審期限是無法延期的，并且口審程序可以在沒有該當事人在場的情況下繼續進行。
在歐專局駁回申請的情況下，申請人不服駁回決定的，可在駁回決定送達起2個月內提起申訴，并在4個月內提交申訴理由。
在申請公開后、作出最終審查決定前，任何第三方都可以按照相關規定，針對該專利的可專利性提出意見(第三方意見)。提交第三方意見不需要繳納官費，且可以匿名提起，但必須以書面的形式作出并陳述其理由。在滿足以上要求的情況下，歐專局會將第三方意見通知給申請人，申請人可以就此進行評論。
6. 專利授權
歐專局審查部門決定授予專利前，會發出授權意向通知書，申請人應在該通知書送達起4個月內繳納授權公告費，并提交歐專局另兩門官方語言的權利要求的翻譯。
申請人若不同意擬授權文本，則可在4個月內提交修改文本并闡明具體理由。如果歐專局同意，則會重新發出授權意向通知書;若不同意，則會重新恢復審查程序。
在滿足上述授權要求的情況下，歐專局將作出授權決定，授權決定自專利公告之日起生效。
7. 專利生效
歐洲專利在授權公告后，還需要根據各國的要求，在一定期限內(通常為3個月)選擇生效國家，繳納生效費，并提交權利要求或整個專利文件的翻譯文本，才能在目標成員國開始生效程序。具體翻譯需求如下：
①無需翻譯，自動生效(9國)：英國、德國、法國、瑞士、盧森堡、摩納哥、列支敦士登、愛爾蘭、比利時
②提交權利要求書譯文(7國)：斯洛文尼亞、馬其頓、立陶宛、拉脫維亞、波黑、黑山、摩洛哥
③提交權利要求書譯文及說明書為英文/本國官方語言譯文(9國)：瑞典、挪威、荷蘭、冰島、丹麥、克羅地亞、芬蘭、阿爾巴尼亞、匈牙利
④提交全文本國語言譯文(17國)：土耳其、西班牙、斯洛伐克、塞爾維亞、羅馬尼亞、葡萄牙、波蘭、馬耳他、愛沙尼亞、捷克、塞浦路斯、保加利亞、奧地利、圣馬力諾、意大利、希臘及摩爾多瓦
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