企業(yè)在進(jìn)行專項審計前，應(yīng)按照《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請書》中的格式，準(zhǔn)備好企業(yè)研究開發(fā)項目情況表、上年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）情況表、企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表以及相關(guān)財務(wù)資料。然后選擇符合條件的中介機(jī)構(gòu)，對企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用和近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入進(jìn)行專項審計。中介機(jī)構(gòu)應(yīng)客觀、公正地進(jìn)行審計工作，并出具相應(yīng)的專項審計報告。
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