高效液相色譜法與經典液相色譜法比較，具有下列主要特點：
1．高效由于使用了細顆粒、高效率的固定相和均勻填充技術，高效液相色譜法分離效率極高，柱效一般可達每米104理論塔板。近幾年來出現的微型填充柱（內徑lmm）和毛細管液相色譜柱（內徑0.05umm），理論塔板數超過每米105，能實現高效的分離。
2．高速由于使用高壓泵輸送流動相，采用梯度洗脫裝置，用檢測器在柱后直接檢測洗脫組分等，HPLC完成一次分離分析一般只需幾分鐘到幾十分鐘，比經典液相色譜快得多。
3．高靈敏度紫外、熒光、電化學、質譜等高靈敏度檢測器的使用，使 HPLC 的最小檢測量可達 10-9～10-11g
4．高度自動化計算機的應用，使 HPLC 不僅能自動處理數據、繪圖和打印分析結果，而且還可以自動控制色譜條件，使色譜系統自始至終都在最佳狀態下工作，成為全自動化的儀器。
5．應用范圍廣（與氣相色譜法相比） HPLC 可用于高沸點、相對分子質量大、熱穩定性差的有機化合物及各種離子的分離分析。如氨基酸、蛋白質、生物堿、核酸、甾體、維生素、抗生素等。
6．流動相可選擇范圍廣 它可用多種溶劑作流動相，通過改變流動相組成來改善分離效果，因此對于性質和結構類似的物質分離的可能性比氣相色譜法更大。
7．餾分容易收集 更有利于制備。
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