依據《建設項目竣工環境保護驗收暫行辦法》第六條及第十四條規定，需要對建設項目配套建設的環境保護設施進行調試的，建設單位應當確保調試期間污染物排放符合國家和地方有關污染物排放標準和排污許可等相關管理規定。環境保護設施未與主體工程同時建成的，或者應當取得排污許可證但未取得的，建設單位不得對該建設項目環境保護設施進行調試。
納入排污許可管理的建設項目，排污單位應當在項目產生實際污染物排放之前，按照國家排污許可有關管理規定要求，申請排污許可證，不得無證排污或不按證排污。建設項目驗收報告中與污染物排放相關的主要內容應當納入該項目驗收完成當年排污許可證執行年報。因此，必須申領排污許可證后方可進行調試、竣工環保驗收監測及自主驗收程序。
關于環評、驗收、排污許可、應急預案有關規定
根據《中華人民共和國環境影響評價法》有關規定，環評應在項目開工前完成。根據《關于做好環境影響評價制度與排污許可制銜接相關工作的通知》，環境影響評價制度是建設項目的環境準入門檻，是申請排污許可證的前提和依據。
根據《中華人民共和國環境保護法》第四十五條規定，實行排污許可管理的企業事業單位和其他生產經營者應當按照排污許可證的要求排放污染物;未取得排污許可證的，不得排放污染物。
根據《控制污染物排放許可制實施方案》環境影響評價制度是建設項目的環境準入門檻，排污許可制是企事業單位生產運營期排污的法律依據。新建項目必須在發生實際排污行為之前申領排污許可證，環境影響評價文件及批復中與污染物排放相關的主要內容應當納入排污許可證，其排污許可證執行情況應作為環境影響后評價的重要依據。
根據《企業事業單位突發環境事件應急預案備案管理辦法(試行)》第十七條規定，建設單位制定的環境應急預案或者修訂的企業環境應急預案，應當在建設項目投入生產或者使用前，按照本辦法第十五條的要求，向建設項目所在地受理部門備案。
企業新建項目在試運行階段，可能會產生實際的排污行為。根據相關法律要求，企業必須持證排污，不得無證排污。因此，企業在投入運行并產生實際的排污行為之前，應當取得排污許可證。這跟企業是否通過環保驗收沒有必然的關系。
排污許可證是對企業實際排污行為的許可，根據《建設項目環境保護管理條例》，試生產行為在竣工驗收之前，需要試生產的企業，不能等到驗收之后才申請許可證。不僅如此，哪怕企業連“試生產”都還沒有正式開始，只是在調試階段，但只要有實際的與生產相關的污染物產生了——即便污染物的類型、排放量跟正常運行之后不一樣，企業都必須在此之前獲得排污許可證。
此外，企業在申請排污許可證的時候，竣工驗收報告并不是前置條件，但是需要提交環評報告的批復文件。
因此，環評是首位的，而申請排污許可證需要在發生實際排污行為之前;而一旦裝置運行(試生產、試運行)就會排污，所以排污許可申請需要在環保驗收之前完成，且必須已經取得環評批復(或完成登記表備案)。應急預案是投入使用前完成，那么自然是在試運行之前。
綜上，可以總結出以下這個流程：環評編制——取得環評批復（或完成登記表備案）——申請排污許可證——編制環境風險應急預案——試運行——開展竣工環保驗收——完成自主驗收——正式投產。
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