企業要在ISO9001基礎上建立并實施ISO14001環境管理體系，需要在人力、物力、財力等各方面進行統籌安排、全面部署，如在組織結構和人員職責上增加環境部分等，這一切最終都體現在體系文件中，而且具體的實施運作也都是以體系文件為依據和基礎。因而文件化體系的建立是向ISO14001過渡的關鍵。
企業的質量體系和環境管理體系都分為三個層次:即質量手冊和環境管理手冊;程序文件;記錄、操作規程、作業指導書。在ISO9001基礎上建立ISO14001的關鍵就是要實現這三個層次的融合。
環境管理手冊即為EMS的綱領性文件，
包括：
1環境方針、目標和指標文件;
2環境方案文件;
3組織結構、各部門及人員的環境職責、權限及相互關系文件;
4對環境管理體系的結構、要素和引用的程序的
概述。環境方針、目標和指標，要與質量方針、目標和指標相協調;環境方案要與質量計劃相協調;組織結構、各部門和人員的環境職責、權限和相互關系，要與原質量管理體系中組織結構、各部門和人員的質量職責、權限和相互關系相協調。在協調過程中，可能需要對原質量手冊中有關部分做相應改動，但所有的變動都不能導致不符合ISO9001相應標準的要求。這是兩體系結合的重要方面，需特別注意。
環境管理的程序文件與質量體系的程序文件相比較，大致可分為三類：
一是只用于質量體系的程序，如產品質量檢驗、試驗程序;對于這一類，原則上不做修改;但要審計與修改后的第二類程序的協調性，凡不協調的，要修改使之協調;還要審計與新制定的第三類程序的一致性，凡有矛盾的地方，要修改使之無矛盾。
二是可通用于兩個體系的程序，如文件和資料控制程序:對此需要進行修改。首先，在原有質量體系程序的基礎上，嚴格按ISO14001標準的要求，補充增加有關環境管理的專門條款和內容，形成“環境管理補充部分”;然后，審查原程序，確保原程序和新補充的部分不矛盾，協調一致，使這兩部分內容構成一份能夠同時滿足ISO9001和ISO14001標準要求的程序文件。
三是只用于環境管理體系的程序，如環境事故應急準備和響應控制程序。對此應嚴格按照ISO14001標準的要求編制，其內容要充分考慮到與第二類通用程序的協調，并確保與第一類程序不矛盾。在上述過程中，原質量體系程序的內容一般會有改動，原質量體系程序的文件份數也可能擴充。如質量體系程序中一般沒有《信息溝通程序》，但這是ISO14001標準要求必須具有的。事實上，環境管理信息的溝通和質量管理信息的溝通同在一個企業內，幾乎是使用同樣的信息傳遞線路和信息處理手段，《信息溝通程序》對于環境管理信息的溝通和質量管理信息的溝通同樣都是重要的，因此，需要使之成為兩個體系通用的程序。
在編制程序文件時一定要注意以上三類程序文件的協調一致和完整配套，這是實現ISO9001質量管理體系和ISO14001環境管理體系相結合的關鍵，也是保證這兩個體系能夠協調運行的必要條件。
按與編制程序文件相同的方法，確定所有的作業指導書，包括第一類只用于質量體系的作業指導書，第二類通用于兩個體系的作業指導書和第三類只用于環境管理體系的作業指導書。
這樣三層、三類的體系文件結構可分可合，分開使用可靈活地適用于質量體系或環境管理體系分別獨立進行
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